Трудовой путь в газовой отрасли Комиссаров начал в 1993 году в производственном объединении «Надымгазпром». В 1997 году он был назначен директором костромского филиала ООО «Межрегионгаз». С апреля 2004 — гендиректор ООО «Газпром межрегионгаз Краснодар».